As tu essayé de switcher de plugin audio dans le fichier de config de mupen ?
Par défaut nous sommes sur le plugin audio-sdl, mais il y a également le plugin audio-omx de dispo.
https://github.com/recalbox/recalbox-buildroot/blob/rb-4.1.X/board/recalbox/fsoverlay/recalbox/share_init/system/configs/mupen64/mupen64plus.cfg#L329
# ls -la /usr/lib/mupen64plus/mupen64plus-audio*
-rw-r--r-- 1 root root 15192 May 21 13:19 /usr/lib/mupen64plus/mupen64plus-audio-omx.so
-rw-r--r-- 1 root root 18060 May 21 13:19 /usr/lib/mupen64plus/mupen64plus-audio-sdl.so