Salut.
Pour ne rien perdre de tes roms / sauvegardes / images, il est important de séparer le système Recalbox du reste.
Pour ma part, le système est installé sur la carte SD de mon Raspberri, les roms et autres sont sur un disque dur externe autoalimenté qui est branché en usb sur la console (tu peux aussi mettre le tout sur une clé usb).
Si tu veux être sûr de ne rien perdre, il est pertinent de faire une sauvegarde de ces contenus sur un autre support afin, dans le cas échéant, de pouvoir faire une restauration en cas de mauvaise manip.
En gros :
1- sauvegarder ton dossier 'roms' contenant toutes les images et jeux (et bios)
2- sauvegarder le dossier 'saves' (à confirmer, je ne me rappelle plus où sont stockées les sauvegardes de jeux)
3- Réinstaller ton système
4- Brancher le support sur lequel les jeux / sauvegardes / bios / paramètres / images sont stockés
5- Configurer Recalbox pour qu'il charge le support externe pour les jeux et autres
6- Jouer 
Ca fonctionne très bien, j'ai déjà réinstallé Recalbox plusieurs fois, et n'ai jamais rien perdu étant donné que mes jeux sont stockés sur un autre support que la carte SD.
