@elsergio podrias simplemente hacer un backup de la carpeta roms a tu pc y listo.
Hace tiempo cree algunas herramientas para organizar roms de diferentes maneras.
https://github.com/paradadf/recaltools
con fastlister podes hacer un listado de archivos dentro de una carpeta y guardarlo en un txt para luego, con fastsorter, poder copiar, basado en ese listado, archivos a una subcarpeta. Eso te permitiria hacer lo que deseas.
Sobre la manera de comprobar los roms uno por uno... se podria crear un script que lo haga (por lo menos para los cores de libretro) y en base a los fps elegir si se marcan como, por ejemplo, que sirven, los lentos, los que no sirven y los que ni arrancan. Es mas, hace algun tiempo empece a escribirlo pero tuve dificiltades y nunca lo retome.
Los roms problematicos son basicamente en la emulacion de arcade... generalmente la gran mayoria de roms en consolas deberia funcionar.