J'ai trouvé la solution :
formater une seconde clé (clé data) en FAT32 et lui donner un nom reconnaissable ; booter avec la clé Recalbox et la clé data ; dans la config de RecalBox /config setting/stockage device, trouver la clé data ; etteindre le pc et revenir sous windows, mettre ses Roms dans le dossier Roms de la clé data ; booter avec la clé Recalbox et la clé data.En fait ce la fonctionne exactement comme une recalbox sur Raspberry.
J'ai encore des soucis de configuration (manette, langue) qui se remaient à zéro à chaque démerrage.