No se que decirte... el nucleo de mame2003 fue recientemente actualizado y eso soluciono los problemas de configuracion individual de controles. Personalmente yo no utilizo esa funcion. En la seccion en español de este foro no hay mas informacion al respecto, pero podes buscar en ingles y preguntar ahi. Siento no poder ayudarte mas.
Siempre podes entrar a IRC y hacer tus preguntar ahi para una ayuda mas directa y chatear con los desarroladores.