@scrapydoom dos cosas:
Si no das detalles de como sale el aufio de tu RPi, poco podemos ayudar. No es lo mismo si lo haces por HDMI o usas algun adaptador, o quiza cable compuesto.
Es solo con algunos juegos de SNES? Has probado otros emuladores (cores)?
Presionando select y luego editar, ahi tenes la opcion en la parte superior de cambiar el core y ver si eso soluciona el problema para juegos especificos.