tem haver com o cartão, cartão com classe inferior a 10 tende a demorar mais devido a sua taxa de transferencia de dados.
mas também tem relação aos arquivos gamelist.xml de cada sistema, faça backup deles que fica em \share\roms\nomedosistema e os exclua para testar se melhorou a velocidade, caso melhorou vc saberá que foram os arquivos, caso não tenha melhora significativa, poderá comprar outro cartão de memoria.