Lo siento si no me explique bien, con el mando nunca lo habia probado, cuando entre en los juegos fue usando teclado. Y la segunda pregunta fue porque la primera se soluciono sola al usar otra pantalla y no usar el mando.
Lo siento si parece que no aprecio tu ayuda.
@LeSoquiaque es con todas las roms que tengo de n64, las roms de psx funcionaron y las que trae por defecto recalbox tambien funcionaron.

Muchas grcias

Podria ser problema del mando?
Acabo de probar en casa con otra pantalla y sin conectar ese mando y me deja entrar en los juegos, nose si sera de la pantalla o del mando.
Ahora tengo otro problema, tengo un adaptador de bluetooth BT 4.0 Trust y quiero conectar un mando de PS3(https://thumb.pccomponentes.com/w-530-530/articles/4/45793/sony-ps3-sixaxis-wireless-controller-rojo.jpg), hago lo que pone en el manual (conectarlo por calbe, esperar 10 segundos, desconectarlo y darle a PS) pero no va, y ahora al darle a ps y luego conectarlo se enciende el led de jugador 1 pero en recalbox no sucede nada ni se mueve el menu ni aparece el mando en la configuracion.
Muchas gracias

Que pude entrar en los juegos, entonces segui metiendo roms de otros emuladores (psx) pero meti mal la rom (era .bin.ecm) me dio error asi que supuse que era de la extension, cambie a .bin y probe si funcionaban pero tampoco, luego borre esas roms y apartir de ahi ya no pude jugar a ningun juego de n64. Realmente no andube en la configuracion de la n64 hasta que fallo la primera vez.

Gracias por contestar tan rapido

Modelo de Raspberry Pi: pi 3
Versión Recalbox (build): 4.0.0
Hardware (Micro SD, fuente de alimentación, etc.): Micro SD clase 10 SANDDISk 16GB
Mando(s): Teclado y QUMOX n64 controller

Al intentar lanzar cualquier juego de n64 vuelve a la ES.
Intente seguir la guia https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/N64-%3A-return-to-ES-(EN)
No sirve, cambie el nucleo a GLIDEN64 y tampoco va.
Y al principio si que pude entrar.
Muchas gracias