Einstellungen wie zum Beispiel auf der recalbox.conf werden auch auf dem externen USB Stick gespeichert. Das kann dann unterschiedlich zu der recalbox.conf auf der SD Karte sein. Wenn du aber immer mit dem USB Stick bootest sollte das kein Problem sein. Einmal alles über den USB Stick einstellen.
Die recalbox.conf ist einmal zu finden auf der SD Karte unter /share/system, und auf dem USB Stick dann halt unter recalbox/system.
Was du auch machen könntest ist die recalbox.conf von der SD Karte einfach auf den USB Stick in den system Ordner zu kopieren und zu ersetzen, dann sollte alles übernommen sein.
Sowas wie themes, gamelists und andere Sachen werden übrigens auch auf der SD und auf dem USB jeweils zu finden sein. Also hier wenn du magst auch so halten dass es auf beiden gleich ist.