Je continue à m'auto-répondre au cas où ça servirait à quelqu'un de passage qui se pose la même question 🤣
Je confirme que les émulateurs vont bien chercher les sauvegardes sur la carte SD, sur la partition SHARE, dans le répertoire /saves, d'où le fait que celles présentes sur mon stockage externe n'étaient pas détectées.
Je ne sais pas s'il existe un paramétrage pour basculer de l'un à l'autre, mais au moins j'ai ma réponse pour l'utilisation standard.