@punkster Lakka habe ich noch nie ausprobiert, kann daher leider nichts darüber sagen, bei Retropie mit libretro mupen64plus core funktioniert bei mir die Steuerung ohne Probleme.
Starte mal den libretro mupen64plus core in deiner Recalbox. Drücke dann Hotkey + B.
Nun solltest du in dem Retroarch Menü sein. Im Spielmenü gibt es den Punkt Steuerung, dort den Punkt Port 1 Steuerung anwählen, und mit der Option Analog-zu-Digital-Typ rumspielen, vielleicht liegt es daran.