Bon j'ai trouvé la solution donc je réponds ici, ca pourra peut-être servir à quelqu'un :
Je suis retourné dans le menu de config des manettes et j'ai relancé une configuration des boutons.
En les réassociant tous correctement et en suivant le mapping à l'écran (j'ai une manette SF30 pro donc j'ai bêtement suivi le schéma SNES comme indiqué à l'écran) et bien tout est rentré dans l'ordre !!
-> Plus d'inversion des pictos par rapport à mes touches dans le menu d'EmulationStation et les boutons n'étaient plus inversés non plus dans les jeux.
Pour info, l'installation de Recalbox 9 était toute neuve.
Soit dit en passant, j'ai trouvé la manip assez hasardeuse donc j'ai flashé une autre microSD avec Recalbox 9 pour voir si ca faisait la même chose avec une autre fresh install .. et là : je n'ai pas eu le problème du tout !
Etrange. Je suis passé à autre chose, mais si d'aventure vous rencontrez un problème similaire : allez remapper vos touches dans le menu de config et tout devrait rentrer dans l'ordre.
