Problème à peu près résolu :
@airdream les raccourcis ne fonctionnais pas (j'ai remapé des boutons de ma borne et du coup Hotkey R2 L2 ne changeais rien mais cela devrais marcher pour ceux qui ont la config d'origine)
Le plan de secours ma bien aiguillé je n'avais pas vu l'option shaders dans retroarch mais vu que je galère toujours avec la sauvegarde des réglages la dedans je suis passé sur le fichier neogeo.cfg et j'ai assigné un shaders dedans.
Du coup je me rapproche du rendu que je voulais 🙂

@Lasly pas d'overlay mais c'était bien pensé en effet

Je vais rester la dessus, je vous remercie tous pour votre temps, c'est bien cool 🙂
Bonne continuation

J'ai résolu mon problème !
Dans recalbox.con j'avais global.videomode=CEA 4 HDMI au lieu de CEA 5 HDMI.
J'avais mis CEA 5 HDMI qui correspond à une résolution de 1920x1080 au lieu de CEA 4 HDMI qui correspond à 1280x720, car je voulais utiliser la résolution native de ma TV HD.
Donc il semblerait que le rasp3 ait un peu de mal avec les shaders en 1080p.
Par contre en 720p c'est super fluide ! Et c'est magnifique ! (sauf pour l'atari st où ça donne un aspect assez horrible)

Ce qui est étrange c'est que même quand ça ramait en 1080p, le nombre de fps affiché était toujours à 60fps. On dirait que les fps correspondent au fonctionnement du core et sont décorrélés de l'affichage.

These settings are really nice !
But unfortunately they make games become a little bit sluggish (very little but it annoys me lol).

ok merci, j'ai un peu cherché dans les options video générales, je n'avais pas fait attention aux options core, je vais voir ça de plus prèt.   Sinon pour les histoires de perfs, j'ai overclocké mon pi2 (le niveau avant extrem) et la 32x passe maintenant. Peut être que si je retourne en 1080p avec le shader retro je n'aurais plus de pb.