Qual versão do Recalbox você está usando? Em qual plataforma (PC, RPi3, etc.)? Você nunca conseguiu ou só após alguma atualização? Você já foi nas opções no Menu e verificou quanto de espaço você tem disponível? Quantos Gb era para ter livre?
Eu já tive um erro como esse, no Recalbox PC 32bits, usando um pen drive, mas realmente o meu pen drive era de apenas 4gb, e estava praticamente cheio, e mesmo não estando totalmente cheio, o Recalbox já alegava 100% de uso do armazenamento interno, acredito que o pouco espaço livre restante seja necessário para o sistema gravar arquivos temporários (ou mesmo reservado para os saves dos jogos talvez).