@barbudreadmon Tes explications m'ont permis d'y voir plus clair et de solutionner mon problème.
J'ai supprimé tous mes remap ainsi que le core remap (qui je pense est à la base de mon soucis). Désormais, de base les touches tombent juste pour les jeux 2 boutons (shmups) et 6 boutons (street fighter), je n'ai plus a remapper chaque jeu indépendamment.
J'ai simplement recréé 2 mapping pour les cas particuliers :
Pour les shmups 3 boutons (ex: Dragon Blaze), j'ai assigné dans retroarch le bouton 3 a R au lieu de Y et je charge ce mapping quand c'est nécessaire.
Pour les jeux de combat SNK j'ai également créé un mapping 4 boutons en arc de cercle B,Y,X,L que je charge pour KOF, Fatal Fury et autres bourre pif MAX 330 MEGA.
Problème résolu. Merci beaucoup barbu 😉