Desde el explorador de Windows no deberia haber problemas. Desde el navegador, es un bug conocido con archivos muy grandes, especialmente roms en formato de cds. Pero si, WinSCP es una solucion muy practica para eso.
Ahora sobre lo que mencionaste de la tarjeta, no recuerdo que hayas escrito preguntando al respecto, pero seguro tiene solucion. De todas formas, mientras estes contento con como te marchan las cosas, pues no hay nada que reclamar.