J'ai déjà trouvé mon problème.

Donc pour ceux qui galèrent ici la réponse :

Pour chaque fichiers cfg liés aux overlays (par exemple gamegear.cfg) dans le dossier share/system/configs/retrorach il faut remplacer la valeur aspect_ratio_index = "22" par "23"

Exemple :

input_overlay = "/recalbox/share/system/configs/retroarch/overlays/pack01-clean/gamegear_overlay.cfg"
input_overlay_hide_in_menu = "true"
input_overlay_opacity = "1.0000000"
aspect_ratio_index = "23"
video_message_pos_x = "0.220000"
video_message_pos_y = "0.120000"
custom_viewport_x = "460"
custom_viewport_y = "131"
custom_viewport_width = "1014"
custom_viewport_height = "759"