@danielejos ¡Hola! Creo que basta borrar el archivo de configuración que se guardó, yendo en el camino:
\SHARE\system.config\retroarch\config
y encontrando la carpeta correspondiente a la modificación que usted hizo, o puede (después de hacer una copia de seguridad, por las dudas) eliminar todas las carpetas, excepto la carpeta "remaps".

NOTA: Las carpetas con "." (punto) antes del nombre, son ocultas por defecto, entonces usted necesita configurar su explorador de archivos para mostrar las carpetas ocultas, de lo contrario no encontrará la carpeta \SHARE\system.config