@charlesmarried lo que da mas bajo es el amperaje. Lo podes modificar editando el archivo config.txt segun se indica aqui:
http://elinux.org/RPiconfig#USB_Power
Pero, a mi entender, eso no va a solucionar tu problema. Esto aumentaria el amperaje disponible en los puertos USB, pero pero si tu disco duro ya tiene problemas con eso, podria mas corriente a disposicion para cualquier dispositivo conectado, pejudicando aun mas la ya existente inestabilidad de voltaje.
Por eso te recomende un hub usb con alimentacion externa.
Comentanos como te va!