@Demon
Das meiste findest du im Wiki. Also zuerst komplett durchlesen. Trennen von Recalbox Betriebssystem (der im PI steckt) und deinen Daten roms usw. hat den riesigen Vorteil dass du ein neues Betriebssystem komplett neu aufsetzen kannst ohne deine Daten zu verlieren. Du hast ja schon eine 128GB Karte, die würde ich für die Daten reservieren. Dazu brauchst du nur einen SD-USB Adapter. Wenn du sehr wenig Platz hast, ist der System-S Mini USB 2.0 Adapter der Kürzeste. Dann noch eine 16GB klasse 10 SD (Sundisk) für den PI und nur das System. Eigene Ordner helfen dir nicht, wir sind in Linux.
Also mit Etcher das aktuelle Betriebssystem für PI3 auf die 16GB aufladen, dann deine 128GB mit Adapter anstecken, hochladen und im ES Menu als externer Speicher deine 128GB Karte angeben. Dann wird der Ordner Share auf die 128GB SD transferiert und ist vom Betriebssystem getrennt. Konfigurieren Netz usw ist im Wiki beschrieben und danach kannst du dich mit dem PI3 verbinden und deine Spiele hochladen.