Je complète suite à la lecture d'un post sur Mario Kart N64: apparemment il faut aussi mettre "input_autodetect_enable=true" sinon ça ne semble pas fonctionner (ne me demandez pas pourquoi, je ne comprends rien à cette option):
Voici le positionnement de mes boutons sur ma bornes:

Select
X L1 R1
B A Y

Voici la config finale commentée (et qui fonctionne 😉 )

input_autodetect_enable=true #Joueur 1 input_player1_joypad_index = 0 #pour bouger les flips: Flipper gauche et bouton A #Select sur joystick (controle le flip gauche) input_player1_select_btn = "nul" input_player1_left_axis = 7 #Echange des boutons Start et B input_player1_start_btn = 5 input_player1_b_btn = 6 #Joueur 2, joue sur les mêmes boutons input_player2_joypad_index = 0