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@kanongdl me refiero a que configuras ru mando desde EmulationStation y en el menu de retroarch simplemente cambias a analog, no hay algo que te haga diferenciar entre joystick derecho o izquierdo.
Lo que dice en el enlace es que por defecto, el emulador "emula" el d-pad en el analogico izquierdo. Para los juegos en los que existen diferencias funcionales entre uno y otro, eso estorba y es incorrecto, asi es que hay que desactivarlo.