@Pepe Buenas, muchas gracias por contestar.
La partición que reformatee no fue la fat32 de la SD virgen. Fue la partición "share" en ext4 generada por el propio recalbox al instalar. Lo hice con la esperanza de cambiar el cluster, pero creo que no sirvió de nada puesto que recalbox necesitó re-instalar nuevamente para generar su sistema de carpetas y todo el asunto, así que quizás ha vuelto a poner el tamaño de bloque que usa por defecto.
Sobre las imágenes es indiferente, ya que estas están en jpg, pero pasa con cualquier archivo que copie. Ejemplo, la rom de donkey kong ocupa 256kb, pero en disco = 1mb. Lo mismo si copio un .txt vacío, pasa a ocupar 1MB directamente.
Probaré los comandos que me has comentado y aportaré más información, a ver qué sucede. Gracias de nuevo por tu ayuda.