@acris: ben justement, à part "accès root via SSH", sur le wiki y'a pas grand chose...
J'ai dû mater une petite centaine de posts pour trouver recalbox-prgrade.sh! Et en plus c'était sur le forum US.
J'ai bien trouvé une mini formation au SSH proposée par un modo aussi (genre SSH pour les nuls), c'est super sympa mais c'est du général sur un système Unix.
@Substring : finalement, par désespoir, j'ai save tout ce que j'ai pu et retenté les install avec tous les cas de figure.
Il en ressort que c'est la clé créée sur 4.0 qui met le boxon. J'ai voulu l'utiliser à chaque fois et dès que le système passait dessus comme média de stockage ça plantait tout.
Je l'ai reformatée en Fat32 avec SDFormatter, partitionnée avec la 4.0.1 et recopié tout dessus et ça tourne maintenant.
Pourtant, le système de répertoires à l'air d'être le même (j'ai pas fait d'image disque pour comparer) mais visiblement c'est pas compatible.
Donc pour résumer:
réinstall de la 4.0, MAJ depuis la SD en 4.0.1, format de la clé USB depuis SDFormatter sur ordi, création de l'arborescence depuis la recalbox sous 4.0.1, copie de toutes mes roms et mes saves.
En tous cas, merci pour l'aide et les réponses même à une heure du mat'!