@djohn-konkakk Salut.
As-tu bien configuré ta manette dans Emulationstation sans la brancher en filaire ?
Il me semble que si tu la configures en l'ayant branchée en USB, si tu la débranches ensuite, la conf est différente.
Le mode de démarrage en BlueTooth est aussi très important, comme indiqué par @acris.
Si tu la démarres sur un mauvais mode, celle-ci sera bien reconnue, mais certains boutons ne le seront pas.
J'ai une manette SFC30 pro, et en la configurant dans emulationstation lorsqu'elle est connectée en bluetooth (mode Android), tout fonctionne nickel.