J'ai l'impression qu'il y a un problème avec la version actuelle de retroarch, ayant un cas analogue et je ne semble pas être le seul.
J'ai défini 2 encodeurs USB et voulais occasionellement brancher un PS3 + Stick sur le joueur 1. Qu'il n'accepte de mettre 2 commandes parallèles sur le joueur 1 est acceptable. Mais quand je configure l'encodeur USB 1 sur le joueur 3, il n'accepte pas non plus et ignore la configuration tant que l'on ne le débranche pas physiquement. Pas de solution non plus pour le moment.
Par contre avec dosbox, ce n'est pas un problème.