Pois é @NegãoBola8 . Também não achei uma solução e isto parece ser um bug.
O mais engraçado é que isto acontece bem com jogos que são relacionados com Pesca...hehehehhe.
No Retropie o pessoal parece estar com o mesmo problema. Deve ser algo da libretro.
https://retropie.org.uk/forum/topic/15686/controller-s-does-not-work-in-some-games