@vinicius-vidal Olá!
É difícil dizer exatamente qual o problema, pois é um problema difícil de reproduzir... Já que o problema acontece especificamente em um netbook, o problema possivelmente é ele mesmo...
Não sei exatamente o quanto você testou, então, o que posso sugerir:

Tentar em mais de um sistema: SNES, NES, Megadrive, e ver se o problema acontece em todos os sistemas ou somente em um. Tentar trocar o emulador e/ou o núcleo de emulação. Esperar mais tempo para ver se realmente o shader não funciona, ou se apenas demora para entrar. Aplicar o shader e reiniciar o jogo (com o atalho hotkey +A se não me engano) Aplicar o shader nas configurações avançadas do emulador, e iniciar o jogo já com o shader.

Como eu disse, são apenas sugestões, eu tentaria isso antes de desistir...