Hola de nuevo a todos. Al final he conseguido solucionar el tema. Era un problema de directorios... al parecer tengo ese shader guardado en dos sitios, tanto en la carrpeta shaders_init\shaders como en un subdirectorio más que es \zfast y que parece ser que no debería estar ahí. Así que las líneas me han quedado así:

Shader set Automatically select shaders for all systems

## (none, retro, scanlines)
global.shaderset=retro

Once enabled, your screen will be cropped, and you will have a pixel perfect image (0,1)

global.integerscale=0

Set gpslp shader for all emulators (prefer shadersets above). Absolute path (string)

mame.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
neogeo.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
megadrive.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
nes.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
pcenginecd.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
segacd.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
pcengine.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
snes.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
fba_libretro.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
gb.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
gba.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp
mastersystem.shaders=/recalbox/share_init/shaders/zfast_crt_curve.glslp

Por si le sirve a alguien...