Slip ou caleçon ?
Plus sérieusement, je vois ces questions MAME ou FBNeo tout les jours en ce moment. Ici la réponse est très simple vu qu'elle ne concerne que 2 cores : l'émulation est moins précise dans mame2003 (y compris la version +), donc si un jeu est supporté et suffisamment rapide dans FBNeo il vaut probablement mieux l'utiliser.
Pour les types de romsets, merged n'a pas d’intérêt avec un frontend comme emulationstation, @AgedLove a bien répondu pour les 2 autres.