@skeno Alors je me réponds à moi même (si ça peut en aider d'autres), j'ai poussé un peu plus l'investigation et le problème venait du fait que je suis encore sous Pi2 et qu'il y a une ligne dans le recalbox.conf qui apparemment force snes9x2010 pour ce Pi pour la snes. Et je pense que cette option n'est pas là pour rien puisqu'effectivement, en forçant le core "snes9x" ça lague quand même pas mal même sur les jeux non msu.
Problème résolu pour moi donc !