Bon j'ai trouvé tout seul à force d'essayer différentes combi. Voici la solution :
il faut aller dans recalbox\system\configs\retroarch ensuite modifier ****.cfg ( par machine)
exemple pour snes.config, vous vous retrouvez avec :
#include "/recalbox/share/system/configs/retroarch/common.cfg"
input_overlay = "/recalbox/share/system/configs/retroarch/overlays/snes_overlay.cfg"
custom_viewport_width = "943"
custom_viewport_height = "707"
custom_viewport_x = "167"
custom_viewport_y = "7"
video_message_pos_x = "0.134375"
video_message_pos_y = "0.0652777777777778"
il faut ajouter avant #include
"/recalbox/share/system/configs/retroarch/common.cfg
video_shaders ="/recalbox/share_init/shaders/*********.glslp"
video_shader_enable = "true"
Voilà, j'espère que cela en aidera d'autres !