J'ai identifié d'où venait le problème, si ça peut servir à quelqu'un. Le fichier qui déconnait était recalbox.conf , il a dû modifier la résolution. Je l'ai supprimé et remplacé par un autre qui marchait. Il doit être modifiable mais ça je ne sais pas faire.
Enfin, je pense que la meilleure solution pour jouer aux jeux de tirs avec une manette est d'avoir recours aux versions consoles des jeux comme la Dreamcast par exemple. Ca sera un peu différent de la borne d'arcade mais tout à fait jouable !
