@PpmeiS mañana te respondo mas extensamente, pero justamente cree dos archivos batch (para Windows) que "extraen" y separan los roms de neogeo y los parents para fba_libretro del romset 0.2.97.38. Los podes encontrar en el siguiente enlace:
https://forum.recalbox.com/topic/1555/bestarcade4recalbox/51
Enlaces directos:
Batch file for neogeo only
Batch file for parent only (no neogeo)