He conseguido solucionarlo. No con samba que no se sinceramente ni lo que es, sino con el propio universal XML scraper.
Utilizo este para parar emulation station, después pego el gamelist con winscp y por último, en vez de usar el comando reiniciar, uso el comando de apagar. Al encender de nuevo, los cambios siguen estando ahí.
Muchas gracias
