Bonjour,
A priori ce n'est pas un problème avec recalbox, emulationstation ou les jeux mais bien de la configuration de l'émulateur mupen64plus.
Il y a un tuto pour les manettes qui, je crois, ne sont pas répertoriées, pour leur définir une configuration "personnalisée", ici : https://forum.recalbox.com/topic/9016/a-lire-manettes-n64/1
En ce qui me concerne j'ai copié le fichier présent sur le master du dépôt mupen64plus ici https://github.com/mupen64plus/mupen64plus-input-sdl/blob/master/data/InputAutoCfg.ini en lieu et place du fichier présent dans /recalbox/share/system/configs/mupen64/InputAutoCfg.ini.
Testé avec une manette Xbox 360 et une manette Gamesir T4 Pro sur Mario64, Goldeney, RAS ça fonctionne.
Si ça peut aider 
