Hola @Pizud , yo lo he solucionado activando el driver de Xbox en el config de Recalbox.
He apagado el driver de DualShock 3, porque me ha parecido leer en el mismo config que no pueden estar los dos activados a la vez (a lo mejor me equivoco), pues pone lo siguiente:
------------ D2 - XBOX Controllers ------------ Xbox controllers are already supported, but xboxdrv can solve some compatibility issues Enable xboxdrv driver, disable this if you enabled ps3 controllers (0,1)controllers.xboxdrv.enabled=1
Set the amount of controllers to use with xboxdrv (0..4)controllers.xboxdrv.nbcontrols=2
Aún así, una vez activado el driver de Xbox y reiniciado la Raspberry, los leds del mando ya no hacen error y los botones son 100% configurables.
Un saludo.