@pedrojavier82 ¡Hola!
No sé lo que está pasando con usted específicamente, pero creo que debe ser más fácil hacer copias de seguridad de sus ROMS y sus saves, formatear la tarjeta de memoria, y rehacer la instalación, con la última versión de Recalbox. Muchas veces esto termina siendo más rápido que estar buscando el motivo del problema ...