@paradadf
No estaba muy claro pero ya lo he resuelto, es similar a pasar roms a la SD aunque en este caso la idea es justo a la inversa y con todo el contenido de la partición share.
No he encontrado nada más asi que dejo el proceso exacto y si puedes añadirlo a la wiki en un apartado especifico mejor que mejor.
COPIAR Contenido de la partición "Share" a un HDD/USB externo para usarlo de forma externa:
1.El HDD/USB externo debe tener formato de partición FAT32.
2.Iniciar Recalbox de forma normal. Una vez en el Menu pulsar F4 para reiniciar y una vez reinicie pulsar rapidamente ALT + F2 para acceder a la consola de comandos.
3.Logea**e como administrador ROOT, para ello escribir:
user: ROOT
password: RECALBOXROOT
si es correcto simplemete saldra el * para escribir comandos como administrador.
4.Hay que parar el proceso de ES (Emulationstation) para poder copiar todo el contenido sin problema.
Teclear: /etc/init.d/S31emulationstation stop
5.A continuación enchufar el HDD/USB a la RPI y montar los dispositivos externos.
Teclear : df -h (mostrara todos los dispositivos y particiones en pantalla, la del HDD/USB por defecto es la de USB0
6.Es la hora de copiar todo el contenido de la partición Share al HDD/USB externo.
Teclear: cp -rv /recalbox/share/* /media/usb0/
Llegados a este paso todo el contenido empezara a copia**e al dispositivo externo. Asegura**e que tenga suficiente memoria. Cuando el HDD/USB termine de copiar dejara de parpadear el LED indicador o simplemente si es un HDD dejara de vibrar por lo que sabremos que no esta trabajando.
7.Todo el contenido de la partición Share se copiara a la raiz del HDD/USB por lo que deberemos primero crear una carpeta llamada "recalbox" y meter todo el contenido que se ha copiado a esta.Solo así se reconocera todo el contenido una vez lo enchufemos a la RPI.
8.El ultimo paso es seleccionar en recalbox como almacenamiento el externo. Para ello una vez estemos en el menu principal hay que enchufar el HDD externo y desde las opciones en "general" seleccionamos como almacenamiento el externo. Recalbox se reiniciara y leera todo el contenido del HDD/USB para empezar.
Tardará algo más a comparacion con la SD ya que todo el contenido es leido desde el USB 2.0. En mi caso esta opción es ideal para meter muchas ROMS como pueden ser las de PSX.