Oui on peut mettre un jeu en invisible, par exemple si tu as un jeu qui tient sur plusieurs disquettes et que tu veux que seule la première disquette apparaisse dans ta liste, tu peux mettre en invisible les disquettes 2, 3 etc ... comme ça c'est plus "propre".
Mais bon il faut le faire exprès donc ça m’étonnerait que ton problème vienne de là.
Par contre j'ai constaté qu'il y avait parfois des différences entre les jeux affichés par l'interface web recalbox et la réalité. Pour s'en assurer, il faudrait que tu regardes directement dans le répertoire roms/atarist de ta clef usb ou de ta carte micro sd, pour voir si les fichiers "disparus" sont présents physiquement ou pas.