Ok j'ai trouvé une solution. J'ai remarqué que le fichier /etc/init.d/S99custom lance les scripts custom à placer dans le fichier /recalbox/share/system/custom.sh.
J'ai donc ajouté mon script:
#!/bin/bash
amixer -c 0 cset numid=36 on,on
amixer set Master 100%
puis un petit
chmod +x custom.sh
et ça fonctionne!
