@larbreapoire ok j'ai résolu le souci. Pour pouvoir faire ce que tu dis, j'ai trouvé une solution qui perso ne me satisfait pas. Mais bon, on avance. Avant toute chose, je te recommande vraiment de faire une copie de ton fichier !!!!!!

dans \recalbox\share\system\configs\mupen64, éditer le fichier mupen64plus.ini.

Dans les sections "Input-SDL-Control", repère celles qui correspondent à tes manettes de xbox (les deux dernières, la 3 et 4 normalement) et les joysticks gpio (1&2). Quand tu les as repérées, copie tout ce qui se trouve dans la section de la manette xbox, et colle dans la section [Input-SDL-Control1]. Fais de même pour la deuxième manette éventuellement, dans [Input-SDL-Control2].
A l'inverse, récupère tout ce qui était dans ces sections, et mets e contenu dans les sections des manettes xbox d'origine.

Puis, dans chaque section, donc pour chaque controleur, règle le controller configuration mode sur 1 (1=Auto with named SDL Device).

Enfin, sur la ligne d'en dessous, re-numérote correctement chaque section : dans l'entrée "Specifies which joystick is bound to this controller: -1=No joystick, 0 or more= SDL Joystick number", tu mets 0 dans la section [Input-SDL-Control1], 1 dans la [Input-SDL-Control2], 2 dans la [Input-SDL-Control3], etc...

Une fois tout cela fait, n'oublie pas de modifier la section [Core Events] : il faut repréciser à l'émulateur les touches de controle, notamment pour quitter l'émulateur, etc. Je me suis pas cassé la tête, comme je n'utilise pas ces fonctions, j'ai enlevé tous les mapping existants (J2B10/03 etc...), pour ne laisser que celui-là :
Joystick event string for stopping the emulator
Joy Mapping Stop = "J2B10/B9"

Evidemment, comme on vient de basculer la manette xbox pour le premier joueur (et non plus le troisième), il faut remplacer ce qui est écrit par J0B10/B9, pour indiquer que c'est sur la manette du joueur 1 qu'on réalise les combinaisons. Si tu veux garder toutes les combinaisons, remplace simplement chaque J2 par J0.

Save & Quit. Lance une rom, et dis moi. Pour moi, ça a fonctionné.

Seul problème de cette méthode : tu forces la configuration, donc si un jour tu veux jouer à la N64 juste avec les joystick branchés en GPIO... bah c'est plus possible. Ils seront assignés aux joueurs 3 et 4, donc impossible de démarrer une partie. Pire encore : tu ne pourras même plus revenir à Emulation Station, puisque dans ta config tu lui as dit d'aller faire les combinaisons de touche sur la manette du Joueur 1, qui a une manette de xbox... comment faire des combinaison sur une manette qui ne serait pas branchés ? Donc tu vois, cette solution fonctionne, mais elle a pose problème sur un autre point... Pour résoudre ça, j'ai mis les deux fichiers dans le répertoire, que je renomme pour qu'ils soient ou non pris en compte selon mes besoins. Mais bon, si faut trifouiller la config chaque fois que les potes viennent à la maison... bref, je te laisse avec ça. Bon courage !

Ah, et si quelqu'un a une idée pour solutionner autrement le pb qu'avec ce compromis douteux, vous êtes les bienvenus !