@kchito Solo hay un núcleo de Jaguar en Recalbox, por lo que si de alguna manera puede hacer que funcione, el problema no es el núcleo:
https://wiki.recalbox.com/en/hardware-compatibility/emulators-compatibility
Si puede hacer que funcione con el mismo núcleo, el problema debe estar en el archivo de configuración, intente hacerlo de esta manera:
https://wiki.recalbox.com/en/tutorials/controllers/configuration-of-customized-buttons/create-custom-configuration-per-emulator