Mame2003 (0.78) es el emulador de mame por defecto en la RPi2 y 3. No pense en ello antes pero imagino que ambos tienen una RPi0 o 1, razon por la cual no les funcionaba R2.
Esto es porque mame2003 necesita mas poder y, en general, la RPi0 y 1 no funcionan tan bien con el.
