@Jona_cqc Veamos:
recalbox.conf es un archivo de texto donde se guarda la configuración general de Recalbox, no es ejecutable. Teclear la ruta completa del archivo en la consola como comentas hace que el sistema intente ejecutar ese archivo, cosa que no puede por que no es ejecutable y por ello el acceso denegado. Para acceder a él y poder editarlo tendrás que preceder la ruta del archivo con el nombre de algún programa que te permita editar el archivo, por ejemplo nano, que ya existe en la instalación de Recalbox, quedando lo que debes teclear de la siguiente forma:
nano /recalbox/share/system/recalbox.conf
para guardar cambios en nano Crtl+o para salir Crtl+x
La wifi, ¿en que canal la tienes configurada en el router? me despiste comentarte que recalbox 4.0.2 no soporta conexión wifi en canales 12 y 13, si usas alguno de los 2 prueba otro canal.
El botón que da acceso al menú de configuración interna de mame por defecto es l2 que no 12. Con L de left/izquierda. Por lo que comentas al principio que has entrado alguna vez sin saber como, que ahora no puedes entrar ni sabiendo el botón y que ademas comentas que no funciona una dirección del mando, esto suena que ha habido un remapeo sin querer o por error desde ese menú al que ahora no puedes acceder. Si ha sido así la solución es borrar los archivos de configuración interna de mame donde se guardan esos mapeos, en la versión de Recalbox 4.0.2 si no recuerdo mal es la ruta /recalbox/share/roms/mame/mame2003/cfg en esta ruta debería de haber un archivo default.cfg y un archivo de extensión .cfg por cada uno de los juegos que hayas ejecutado, en estos archivos mame guarda la configuración interna, mapas de botones etc. de cada juego y de la interfaz. para recuperar el botón por defecto para acceder al menú de mame borra o renombra default,cfg. si tras borrar este sigue sin funcionarte la dirección que comentabas borra o renombra los demás.
Echa un vistazo a la wiki de Recalbox, todo esto y más lo tienes allí.
https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Manual-(ES)