Gracias a todos por la ayuda, he cambiado la linea a 0 (auto) y ha funcionado, la había cambiado al valor 2 que seria hdmi antes de abrir este post y no había funcionado, y la volví a poner a 1, pero no se me ocurrió ponerla a 0.
Mil gracias a todos por el tiempo dedicado en responderme.

-# comment to get jack audio
hdmi_drive=0

Es la primera versión que he instalado y nunca a funcionado, me hablas de la 4.1 pero yo tengo la 4.0.2, voy a probar esa linea que me comentas, lo he forzado a hdmi y en auto y nada, no va.
He leído mucho y no encuentro una solución, y no me gustaría tener que volver a retropie que si que funcionaba.

Tengo instalado recalbox 4.0.2, raspberry Pi 3 y no funciona el sonido a través de hdmi conectado a la TV, estuve probando anteriormente Retropie y si funcionaba, alguna sugerencia ya que por mas que e estado buscando y leyendo no doy con la tecla de la solución, aquí esta la configuración del archivo config.txt por si es algo del archivo que no veo, gracias de antemano a un novato en esto.

-# uncomment if you get no picture on HDMI for a default "safe" mode
-#hdmi_safe=1

disable_overscan=1

-# uncomment to force a specific HDMI mode (this will force VGA)
-#hdmi_group=1
-#hdmi_mode=0

-# comment to get jack audio
hdmi_drive=1

config_hdmi_boost=0

-# force hdmi while the tv can take time before sending the signal on the hdmi output
hdmi_force_hotplug=1

-# uncomment for composite PAL
-#sdtv_mode=2

-# uncomment for lirc-rpi
-#dtoverlay=lirc-rpi

-# if you plug your tv at the same time as your rpi and that the rpi switches from the hdmi or give a low resolution because tv had no enough time to initialize it
boot_delay=3

-# uncomment if you don't want the rainbow at startup
disable_splash=1

-# Overclock
gpu_mem_256=128
gpu_mem_512=256
gpu_mem_1024=512

avoid_safe_mode=1

kernel=zImage

-# NOOBS Auto-generated Settings:
hdmi_force_hotplug=1
overscan_scale=0