Bonjour @Goo-Gui
ton sujet n'a pas un bug de la béta mais un problème de configuration chez toi.

sujet est splitté et déplacé dans la bonne section.

Sur le joueur 1, j'ai 1 joy 4 directions + 6 boutons (ABXYL1R1) + Start + Select + 2 boutons lateraux (pour les flippers mappés sur L2R2)) + un bouton hotkey.

Juste.

Pour le joueur 2 uniquement joy + 6 boutons + Start et Select. (je mappe la hotkey sur start vu que c'est obligatoire pour tous les joueurs)

C''est faux, le joueur 2 n'a pas besoin de hotkey, seul le joueur 1 est autorisé à sortir du jeu. Le joureur 1 est dieu.
Ton joueur 2 doit avoir : joystick, 6 boutons ( A B X Y L1 R1 L2 R2) +START+ SELECT
Le câblage doit être identique de chaque côté.
https://forum.recalbox.com/topic/9116/a-lire-encodeurs-usb-adaptateurs-usb

Recalbox automatise et "copie la configuation" le joueur 1 vers le joueur 2.

Si c'est écrasé dans ton configure le joueur 2 c'est que tu ne dois pas sans doute pas le configurer.

Donc logiquement, remappe uniquement le joueur 1
puis dans l'interface de Emulationstation, regarde pour attribuer les joueurs 1 & 2 dans options joueurs.
puis essaie un jeu 2 joueurs genre SNES STREET FIGHTER et tester si tu arrives jouer.

Les informations supplémentaires peuvent être obtenu en postant ton archive de support (voir post-it pour la manipulation)
et un lien vers les encodeurs utilisés.