Consegui resolver! Fiz uma instalação nova no cartão e testei todas as configurações em que mexi. A cada alteração eu reiniciava o sistema e testava uma ROM para ver se haveria demora. Fiz todo o teste com o controle virtual disponível em ip:8080, pelo celular.
Quando fui parear o controle 8bitdo não consegui parear. Os controles SN30 GP da 8Bitdo têm quatro modos de pareamento. Esses modos são inicializados da seguinte forma:
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Pressiona se segura start + B se for para usar em um dispositivo Android. O Led pisca uma vez por ciclo para indicar que está no modo compatível com Android. Depois pressiona select por 3 segundos para iniciar o pareamento.
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Pressiona se segura start + X se for para usar em computador com Windows. O Led piscará 2 vezes por ciclo. Depois pressiona select por 3 segundos para iniciar o pareamento.
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Pressiona se segura start + A se for para usar em computador com MacOS. O Led piscará 3 vezes por ciclo. Depois pressiona select por 3 segundos para iniciar o pareamento.
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Pressiona se segura start + Y se for para usar no Nintendo Switch. O Led piscará 4 vezes por ciclo. Depois pressiona select por 3 segundos para iniciar o pareamento.
Antes eu vinha usando o modo compatível com Windows (Start + X) e o controle funcionava, mas apresentava aquela demora para carregar a ROM.
Por algum motivo, não consegui parear novo Windows nessa nova instalação. Tentei parear no modo Android (Start + B) e funcionou e agora as ROM abrem na hora, sem aquela demora toda para carregar.
Não tenho certeza se essa foi a causa, mas vou fazer novos testes com o outro cartão onde está o sistema em que havia a demora para verificar se é realmente isso e posto aqui.
Vou dar uma lida nesse post que você achou para ver se é o mesmo caso.
Muito obrigado.