@lackyluuk You could see this page for more details, in french only for the moment but if you translate, it could help you to understand this "amazing" feature (with lot of potential evolutions 
: https://recalbox.gitbook.io/documentation/v/francais/utilisateur-avance/configurations/scripts-sur-evenements-demulationstation
Apparement, on configure différemment dans recalbox la partie "dtoverlay", c'est la manière qui est différente et pas forcement le résultat. Pour tester, c'est juste idée pour investiguer, on peut jouer avec /boot/config.txt, et de rajouter la ligne suivante à la fin du fichier :
dtoverlay=gpio-poweroff,gpiopin=4,active_low=1,input=1
Et ainsi on verra si cela améliore ou pas le comportement du ventilateur.
Bien sur avant de modifier ce fichier, il faudra faire en ssh, la commande suvante:
# mount -o remount,rw /boot