SOLUCIONADO: Pues respondo yo mismo que he encontrado lo que estaba haciendo mal. Resulta que aunque configuraba el mando bien en recalbox, no lo asignaba en entrada 1. Y yo pensé que ya no había que hacer nada más, ya que podía navegar por recalbox, y había juegos (incluso de dreamcast) que me funcionaban. Pero no ese, ni los de MAME.
Así que estaba haciéndolo mal. Ya lo he hecho bien, y el juego va a la perfección. Aunque he perdido mucho tiempo buscando la solución, he descargado varias imagenes distintas de TOY COMMAMDER y casi todas funcionan, aunque son de distinto tamaño!!!
Gracias a todos los que se han interesado.